Laboratoire des Interactions Moléculaires et Réactivité Chimique et Photochimique
UMR 5623

De nouvelles applications pour l'électrophorèse capillaire

Nous développons de nouveaux champs d'application pour l'électrophorèse capillaire (CE). Par exemple : la mise au point de la sélection d'aptamères au moyen d’un séquençage à haut débit, l'étude des acides aminés ou encore la séparation de lipides.

L'objectif est de développer ces travaux avec deux PME locales spécialisées dans le domaine de l'analyse (Winsep et Picometrics).

Dans la thématique de la sélection d’aptamères, nous conduisons une collaboration avec le Pr Laurent Paquereau et le Dr Vincent Ecochard de l’IPBS, dans laquelle nous avons montré que le tampon TRIS généralement utilisé en électrophorèse capillaire subissait des phénomènes d’électrodégradation qui entrainait la dégradation de l’ADN simple brin. La sélection d’aptamères en utilisant l’électrophorèse capillaire a aussi été étudiée. Ainsi, nous avons montré que la méthode NECEEM pouvait être utilisée pour caractériser un aptamère contenant un G quadruplex en très faible quantité (3 molécules injectées) dans une banque d’ADN. Une corrélation entre quantité de G quadruplexe injectés en CE, et nombre de séquences obtenues en ILLUMINA a été obtenue (après collection en CE de la fraction contenant le complexe {ADN.G-quadruplexe}, amplification par PCR et séquençage ILLUMINA).

 

 

 


Pour l’étude des acides aminés dans les milieux biologiques, nous avions, autrefois, largement travaillé sur les marquages des fonctions amines, thiols et acides par les dérivés de la fluorescéine. Nous travaillons actuellement sur un marqueur fluorogène le CBQCA, qui a aussi la qualité d’avoir une très bonne réactivité sur les amines primaires. Nous avons montré que le tryptophane marqué au CBQCA avait un faible rendement de fluorescence qui souvent masquait la présence de cet acide aminé dans les milieux biologiques. Nous avons identifié des conditions opératoires qui permettent d’augmenter ce rendement et nous permet d’analyser sa présence dans le plasma.

 

Une des grandes difficultés de l’utilisation de la CE en biochimie analytique est l’analyse des lipides. En phase liquides ils forment des micelles et ils sont difficilement détectables. Nous travaillons actuellement sur le développement d’une méthode de CE micellaire afin de séparer des lipides issus de la cascade arachidonique et de les détecter en UV et spectrométrie de masse (collaboration avec Dr Bernard Pipy, Laboratoire Pharmadev).

2018 IMRCP